Растение ядовито. Эфирное масло иссопа противопоказано при эпилепсии, особенно при нейропатии ()
Листья содержат дубильные вещества, олеаноловую и урсоловую кислоты, до 1,1% эфирного масла. В лечебных целях используют траву (стебли, листья, цветки).
Иссоп обладает обезболивающим, отхаркивающим, противовоспалительным и ранозаживляющим действием.
Способен повышать аппетит. Болгарская народная медицина рекомендует применять иссоп при повышенной потливости.